Третьим уровнем управления инновационными процессами является школьный уровень управления (уровень общеобразовательного учебного заведения). Управление общеобразовательной школой в государственных документах определено как общественное, которое предусматривает «обеспечение адаптивности, гибкости и открытости управления, содействие постепенному переходу к стратегически-целевому управлению. Результативность управления общеобразовательным учебным заведением определяется степенью достижения очерченной цели, качественными положительными изменениями в деятельности учреждения».

Развитие теории и методологии управления в области школьного образования, обоснование закономерностей, принципов, функций, методов управления общеобразовательными учебными заведениями осуществленные ведущими отечественными и зарубежными учеными: В. Безпалком, Ю. Васильевым, Ю. Конаржевским, М. Кондаковым, В. Кричевским, В. Масловым, Н. Ничкало, С. Сысоевой, В. Сухомлинским, М. Поташником, Т. Шамовой и др.

Дидактические аспекты управления школой нашли отображение в исследованиях Ю. Бабанского, В. Бондаря, М. Бурды, Н. Буринской, И. Лернера, В. Мадзигона, Ю. Рисованного, В. Паламарчук, М. Поташника, М. Скаткина и др.

Результаты педагогических исследований украинских ученых (В. Бегей, В. Бондарь, Б. Жебровский, В. Маслов, Л. Даниленко Г. Ельникова, Л. Калинина, И. Ликарчук, Н. Островерхова, В. Олейник, В. Пикелина, Т. Сорочан и др.) свидетельствуют о новом подходе к управлению общеобразовательному учебным заведением на междисциплинарном уровне. Эти подходы нашли отображение в практике управления школой руководителей-новаторов В. Алфимова, М. Гузика, О. Захаренко, Т. Карпенко, А. Сологуба и др.